自然人申请代开发票，增值税征收品目为建筑服务项目的，个人所得税应税所得项目为经营所得或劳务报酬，需要按照相关规定区分。
根据《征收个人所得税若于问题的规定)(国税发(1994)89号印发)第十九条、《建筑安装业个人所得税征收管理暂行办法》(国税发(1996)127号文件印发，国家税务总局令第40号国家税务总局令第44号修改)规定算二、三条规定:属于经营所得的情形为:承包建筑安装业各项工程作业的承包人，如经营成果归承包人个人所有的所得，或技照承包合同(协议)规定，将一部分经营成果留归承包人个人的所得;从事建筑安装业的个体工商户和未领取营业执照承揽建筑安装业工程作业的建筑安装队和个人，以及建筑安装企业实行个人承包后工商登记改变为个体经济性质的，其从事建筑安装业取得的所得。属于劳务报酬所得的情形为:从事建筑安装业工程作业的其他人员(非雇佣人员)取得的所得。
注意:默认按照经营所得征收个人所得税。如按规定应税所得项目为劳务报酬，个人所得税由扣缴义务人预扣预缴(或代扣代缴)，不在代开发票时征收。