可以通过自然人电子税务局扣缴端或网页端办理，也可以前往办税服务厅办理。以自然人电子税务局扣缴端操作为例：登录系统后，点击【首页】——【退付手续费核对】——【获取结报单】获取结报单和核对清册，核对清册核实无误后，可点击【下一步】确认结报单，结报单确认无误后，点击【申请退库】按钮，补充接收手续费的银行账户，补充完整后可点击【提交】按钮提交退付手续费申请。税务机关以扣缴义务人确认的结报单作为退付手续费的依据，在进行手续费确认之后，系统自动触发手续费退税流程。
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