根据《国家税务总局关于发布<个人所得税扣缴申报管理办法（试行）>的公告》规定：“第八条扣缴义务人向居民个人支付劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得时，应当按照相应方法按次或者按月预扣预缴税款。
第九条扣缴义务人向非居民个人支付工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得和特许权使用费所得时，应当按照相应方法按月或者按次代扣代缴税款。”
因此，自然人申请代开发票，应税所得项目属于劳务报酬所得、稿酬所得和特许权使用费所得的，开票时不预缴个人所得税，其个人所得税由扣缴义务人按规定履行预扣预缴并办理全员全额扣缴申报，如果扣缴义务人未按规定履行预扣预缴义务，由纳税人按《国家税务总局关于个人所得税自行纳税申报有关问题的公告》（2018年第62号）有关规定自行申报。