根据《国家税务总局关于发布<航空运输企业增值税征收管理暂行办法>的公告》(国家税务总局公告2013年第68号)规定：
第四条 总机构汇总的销售额，为总机构及其分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务的销售额。总机构应当按照增值税现行规定核算汇总的销售额。
第五条 总机构汇总的销项税额，按照本办法第四条规定的销售额和增值税适用税率计算。
第六条 总机构汇总的进项税额，是指总机构及其分支机构因发生《应税服务范围注释》所列业务而购进货物或者接受加工修理修配劳务和应税服务，支付或者负担的增值税税额。
总机构和分支机构用于《应税服务范围注释》所列业务之外的进项税额不得汇总。
第十条 总机构应当依据《航空运输企业分支机构传递单》，汇总计算当期发生《应税服务范围注释》所列业务的应纳税额，抵减分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务当期已缴纳的税额后，向主管税务机关申报纳税。抵减不完的，可以结转下期继续抵减。计算公式为：
总机构当期汇总应纳税额=当期汇总销项税额-当期汇总进项税额
总机构当期应补(退)税额=总机构当期汇总应纳税额-分支机构当期已缴纳税额
第十一条 航空运输企业汇总缴纳的增值税实行年度清算。
第十二条 年度终了后25个工作日内，总机构应当计算分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务年度清算的应纳税额，并向主管税务机关报送《——年度航空运输企业年度清算表》。计算公式为：
分支机构年度清算的应纳税额=(分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务的年度销售额÷总机构汇总的年度销售额)×总机构汇总的年度应纳税额
总机构汇总的年度应纳税额，为总机构年度内各季度汇总应纳税额的合计数。”