一、征管方式
环境保护税采用“企业申报、税务征收、环保协同、信息共享”的征管方式。
二、数据传递和比对
环境保护主管部门应当将排污单位的排污许可、污染物排放数据、环境违法和受行政处罚情况等环境保护相关信息，定期交送税务机关。
税务机关应当将纳税人的纳税申报、税款人库、减免税额、欠缴税款以及风险疑点等环境保护税涉税信息，定期交送环境保护主管部门。
税务机关应当将纳税人的纳税申报数据资料与环境保护主管部门交送的相关数据资料进行比对。纳税人申报的污染物排放数据与环境保护主管部门交送的相关数据不一致的，按照环境保护主管部门交送的数据确定应税污染物的计税依据。
三、复核
税务机关发现纳税人的纳税申报数据资料异常或者纳税人未按照规定期限办理纳税申报的，可以提请环境保护主管部门进行复核，环境保护主管部门应当自收到税务机关的数据资料之日起15日内向税务机关出具复核意见。
税务机关应当按照环境保护主管部门复核的数据资料调整纳税人的应纳税额。
纳税人的纳税申报数据资料异常，包括但不限于下列情形：
1.纳税人当期申报的应税污染物排放量与上一年同期相比明显偏低，且无正当理由。
2.纳税人单位产品污染物排放量与同类型纳税人相比明显偏低，且无正当理由。