按照规定，工厂属于实际使用应税集体所有建设用地、但未办理土地使用权流转手续的，由实际使用集体土地的单位来缴纳城镇土地使用税。也就是谁使用、谁缴纳。

注意一：

企业在有集体土地使用证的土地上建造的厂房，拥有了实际的所有权，也应缴纳房产税。

注意二：

直接用于农、林、牧、渔业的生产用地免征土地使用税，也就是说直接从事于种植、养殖、饲养的专业用地，不包括农副产品加工场地和生活、办公用地。

参考：

1、《财政部 国家税务总局关于集体土地城镇土地使用税有关政策的通知》（财税[2006]56号）：在城镇土地使用税征税范围内实际使用应税集体所有建设用地、但未办理土地使用权流转手续的，由实际使用集体土地的单位和个人按规定缴纳城镇土地使用税。

2、《财政部 税务总局关于承租集体土地城镇土地使用税有关政策的通知》（财税〔2017〕29号）：经研究，现将承租集体土地城镇土地使用税有关政策通知如下：在城镇土地使用税征税范围内，承租集体所有建设用地的，由直接从集体经济组织承租土地的单位和个人，缴纳城镇土地使用税。