根据《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函〔2009〕3号）的规定，工资总额是指用人单位实际发放给员工的工资薪金总和，不包括单位的职工福利费、职工教育经费、工会经费以及养老保险费、医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费、住房公积金和不超过自治区人民政府规定标准发放的公车改革补贴。
另根据《转发财政部关于取消调整部分政府性基金有关政策的通知》（桂财税〔2017〕9号）第二条第二款规定：“用人单位在职职工年平均工资的计算口径，按照国家统计局关于工资总额组成的有关规定执行。” 以及《国家统计局关于工资总额组成的规定》（国家统计局令第1号）第一章第三条规定：“工资总额是指各单位在一定时期内直接支付给本单位全部职工的劳动报酬总额。工资总额的计算应以直接支付给职工的全部劳动报酬为根据。”
因此，计算残疾人就业保障金时，单位发放给员工的工资总额应为直接支付给职工的全部劳动报酬，即单位发放给员工的应发工资。