情况一：
不等比例减资，引发自然人股权架构变动了，属于股权转让了，有可能存在股转个税的风险。
认缴减资、而且是等比例减资的情形下，公司无须向股东实际支付减资对价，公司净资产未减少，由于自然人股东没有减资净所得，是不存在个税风险的。
情况二：
虽然是等比例减资，股权比例没有改变，但是减资的时候企业有未分配利润，这种情况下的减资站在税务局的角度看，净资产大于实收资本，也就是公司账面上有大量未分配利润，这就是减资对价不公允，即减资的时候减资对价小于实收资本，并且没有正当理由，自然人股东减资可能涉及个人所得税会风险。
原因就是这不具有合理性，不符合常规。按照《个人所得税法》第八条反避税条款的规定，个人实施其他不具有合理商业目的的安排而获取不当税收利益。税务机关依照前款规定作出纳税调整，需要补征税款的，应当补征税款，并依法加收利息。
情况三：
自然人股东减资的时候，支付股东的减资款大于当初股东的投资成本，这样减资有个税！
根据《国家税务总局关于个人终止投资经营收回款项征收个人所得税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第41号）第一条规定，个人因各种原因终止投资、联营、经营合作等行为，从被投资企业或合作项目、被投资企业的其他投资者以及合作项目的经营合作人取得股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回的款项等，均属于个人所得税应税收入，应按照财产转让所得项目适用的规定计算缴纳个人所得税。
股东的撤资收回金额>投资成本的是需要交税的，按照“财产转让所得”项目缴纳个人所得税。应纳税所得额=个人取得的股权转让收入—原实际出资额（投入额）及相关税费。
情况四：
公司采取回购自然人股权进行的平价、低价或者0元减资的，通过变相减资实现股权转让，按照总局2014年第67号公告的要求，税务局会采取净资产核定法来核定股权转让收入，并依法征收个人所得税。
公司回购自然人股东的股权属于国家税务总局公告2014年第67号公告中规定的股权转让的情形。公司从股东回购股份，相当于股东卖股权，在个税上也按照股权转让征收个税，若是股权转让价格偏低而且没有正当理由的，也存在个税风险。
注意：
“公司回购股权”属于一种“股权转让”行为。
若是公司回购价格明显偏低有无正当理由的，存在被税务局按照净资产核定法重新核定卖价缴纳个税的涉税风险。
企业回购股权与转让股权是两种不一样的行为，企业回购股权是公司在符合法律规定的回购股权条件下，可以购回股权；转让股权，是股东之间或股东与非股东之间转让，股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。
政策：《国家税务总局关于发布<股权转让所得个人所得税管理办法（试行）>的公告》（国家税务总局公告2014年第67号）第三条规定，股权转让是指个人将股权转让给其他个人或法人的行为，包括以下情形：
（二）公司回购股权；